若兒童腹瀉長達兩週以上，便可歸類為慢性腹瀉。兒童慢性腹瀉的原因有很多，其中有許多因素都會造成小朋友的消化吸收不良，營養因而不足，所以不能修復已經受損的腸黏膜，如此惡性循環出現（腹瀉→營養不良→持續腹瀉→營養不良），稱為頑固性腹瀉（intractable diarrhea），此時口服藥物與電解質水溶液效果已經不大，往往需要住院靠靜脈點滴注射才能打斷此惡性循環。
1. 學步幼兒腹瀉
一至三歲剛學會走路的幼兒，常見間歇性腹瀉，但是沒有生長發育遲緩或脫水等任何不適，稱為「學步幼兒腹瀉」或「慢性非特異性腹瀉」（toddler’s diarrhea 或chronic nonspecific diarrhea），這是因為此時期的小朋友常常吃零食與飲料，加上腸胃道較易敏感，所以大便次數變多，但是糞便檢驗正常，這並不會影響體重與長高。
解決方法就是減少零食，且三餐中碳水化合物要減少，脂肪可以加量，如此食物的滲透壓會下降，且脂肪可以減緩腸胃道的蠕動，如此雙重效果可以減輕「學步幼兒腹瀉」的症狀。
2. 腸炎後腹瀉
另外常見慢性腹瀉的原因就是腸炎後腹瀉。在各種原因的腸炎發生後，腸黏膜會受損，表面的雙醣最先剝落，且最晚生長回去。這段消化能力較差的時期，有時可以長達三至六個月，此時期若食物中含有大量的雙醣，由於無法被消化吸收，這些雙醣會在腸道中吸很多水分過來，造成水瀉，因此這種腸炎後腹瀉是滲透性腹瀉(osmotic diarrhea) 的一種，餵哺母乳者要持續哺餵母乳，至於喝奶粉的小朋友可以稀釋配奶粉，或選擇不含乳糖(lactose-free)的止瀉奶粉。
3. 醣類消化吸收不良
很多成人喝完牛奶後常常覺得不適，這就是因為先天乳糖酶不足，稱為“乳糖不耐症”(lactose intolerance)。有百分之七十的有色人種與百分之十的白種人，都會有喝牛奶後腹脹、腹痛或腹瀉的問題。由於小腸的乳糖隨著年齡的增長慢慢退化，不足以應付突如其來大量的牛奶，而產生不適。因應之道就是在喝奶前添加乳糖酵素，或是從此儘量不食用含乳糖的食物。
醣類消化吸收不良，可以從大便中檢驗出糖分或是其代謝產物，而大便會容易發酵偏酸性，也容易造成寶寶尿布疹。至於出生就缺乏乳糖酶或是其他雙醣酶（如sucrase-isomaltase）的寶寶則非常罕見，需要自出生就開始使用特殊的配方奶，才可以避免長期腹瀉與生長不良等嚴重問題。
4.脂肪無法消化吸收
若大便中有油稱做脂肪瀉（steatorrhea），造成脂肪消化吸收不良的因素很多，包括膽汁代謝問題、胰臟疾病與腸黏膜失去完整性等疾病。此時大便容易大量、惡臭且發泡，這些疾病往往會合併胸部疾病、免疫缺失與成長不良等問題，需要早期診斷早期治療。
5. 食物過敏
大約有百分之一的寶寶有食物（尤其是牛奶蛋白）過敏，主要的表現就是腹瀉與嘔吐，選用高度水解蛋白配方後，症狀會緩解。而這類對牛奶蛋白過敏的嬰幼兒長大至三歲時，一般對牛奶也會產生耐受性，即使再度喝牛奶也不易產生腸胃道症狀。
6.免疫缺失
愛滋病病例成長驚人，小朋友慢性腹瀉且常常發燒生病，不要忘了愛滋病與其他免疫機能缺失的疾病（如IgA deficiency等）。
7.其他
其他會造成慢性腹瀉的罕見原因，如手術後或先天的小腸短少症（short bowel syndrome，因為小腸吸收面積太小，造成營養素流失與滲透性腹瀉）、藥物（某些抗生素與其他會影響腸胃蠕動的藥物等）、梨型鞭毛蟲感染（Giardia lamblia 是世界上最常見的腸胃道原蟲，需要靠糞便或腸液中分離出此原蟲來證實）、鋅缺乏（zinc deficiency induced acrodermatitis enteropathica，會呈現腹瀉與肢端皮膚病變）與嚴重貧血等疾病。
所以當慢性腹瀉的寶寶已經排除了常見問題而仍持續腹瀉時，便需多加留意以上罕見原因，以便及早與醫生找出問題所在。